המנזר של היום מאותר בבולגריה הדרום-מערבית, בגדה הימנית של נהר רילסקה, במקום שבו משתלב הזרם שלו נהר דרושליאביצה, במרחק של בערך 17 ק''מ צפון-מזרחית מהעיר רילה, קרוב לכפר פסטרה- לא רחוק מהמקום שלראשונה נוסד. מנזר רילה הוא המנזר הגדול ביותר בבולגריה- 5 קומות, 4 מהן נראים לעין. איפיון זה של המבנה מסתבר עם ההגבלות, המכפות לידי שלטון העותומני בשנת 1834, מתי שניבנו הביניינים העכשוויים. בקומת הקרקע מיושב המוזיאון. במטבח (מגרניצה) הכינו אוכל בשביל הנזירים. למנזר יש סטטוס של יישוב מנזרי. עוד בנוסדת המנזר, הוא נעשה למרכז ספרותי וחינוכי. בתקופת התחייה הבולגרית (הרנסאנס הבולגרי) בו נאופיט רילסקי ייסד בית-ספר מנזרי.
במחצית השנייה של מאה ה10 בחצי אי הבלקני שיגשגו הרבה מלמידות הדתיות. הופיעה התנועה הבוגומילית, גדלה השפעת כתות הכופרים, עלה מספרם של המתבודדים. כול זה גרם להיווצרותם של כמה מנזרים גדולים, ההכי מהותי מהם הוא המנזר רילה, הנושא את שמו של נזיר המתבודד איוון רילסקי הקדוש.

תאליך בניית המנזר רילה התחיל בשנת 946, עוד לפני מותו של איוון רילסקי הקדוש. משערים שהמבנים הראשונים שלו נמצאו מזרחית למסגרות הנוכחיות, קרוב למערה בה גר המתבודד. הבנייה שלו מחדש במקום, שבו נמצא היום מתוארכת למאה ה13-14.
חזותו של המנזר רילה מתקופת ימי-הביניים המאוחרות מוכרת מכמה תגליפים מסופה של מאה ה18 ותחילת מאה ה19. מהם נראה שהוא היה בנוי מאגפי מגורים של שני ושלושה קומות, שהדופנים החיצונים המסיביים שלהם היו חמושים עם עמודים-תומכים, בדומה לתורת האדריכלות של המגדל חרליו.
בשנת 1816 התחילו הבניות הרציניות ביותר בשחזור המנזר. בשלב הראשון של הבנייה (שנת 1816 ו1817) האומן אלקסי מהכפר רילה בונה את הזווית הצפונית של מבנה העקיף. בשנות 1818 ו1819 הבאות נבנה החלק הנשאר של האגף- מהמטבח עד לזווית הדרומית של המנזר. בו נמצאו שני השערים של המנזר- של סמוקובו ושל דופניצה.
הבנייה מחדש של מתחם המנזרי בתקופת התחייה הבולגרית מסומנת לא רק עם המבנים המפוארים הללו. בשנים שונות בין סוף מאה ה17 ותחילת מאה ה19 נבנתה גם שורה של תת-אובייקטים אחרים משלו מחוץ למעוז של המנזר- הגלוסקמא (1794-1795), משכן נזירים "לוקה הקדוש" (מאה ה18-19), הכנסייה ליד "פוסטניצה הישנה" (שנת 1746, בנויה מחדש בשנת 1820), הקלויסטר "פצלינו" (מאה ה18 ו19), מבנים החדשים ב"אורליצה" (מאה ה19), הקלויסטר בעיר רילה (מאה ה19), בקלמטו (מאה ה19), המאפייה לידי השער סמוקובו (1866) ואחרים.
יצירות האומנות והכתיבה במנזר רילה מתוארכים למאה ה10-11. אליהן מדברות דפים הגלגוליטים העשוים על קלף שנמצאו, ממאה ה19. בארכיון ובספריית המנזר נשמרים מסמכים וכתבי יד ממאה ה12-18.

ערך היסטורי מהותי יש לדיפלומה של צאר איוון שישמן (1371-1393), המופקת ב-21 בספטמבר שנת 1378, נחתמת ואטומה עם חותם הזהב של השליט, איתה הוא נותן למנזר כאחוזות פיאודליות 20 כפרים יחד עם קרקעותיהם, כמה פירמנים טורקים של הסולטן ממאה ה15 ו16, הרישום מלבנות המשולבות בדופן הדרומי של המגדל של ימי הביניים משנת 1335, הרישום השבחי השירי מעל המצבה של שליט הפיאודלי המקומי חרליו משנת 1342, ההסכם אל שיתוף פעולה בין מנזר רילה והמנזר הרוסי "פנטלאימון הקדוש" בסבטה גורה- אטון משנת 1466, הדיפלומות של צאר הרוסי איוון הרביעי- גרוזני ואחרים, וציורי הקיר ממגדל חרליו הם אחת מהיצירות האיכותיות ביותר מהאומנות של מאה ה14 בבולגריה.
היום המנזר משתרע על פני 8800 מטר מרובע, מהם 5500 מטר מרובע אלו שטח בנוי. אגפי המנזר, שנבנו בזמנים שונים בקומות 4 ו5,  מקיפים מכול הצדדים את חצר היחידי עם הצורה של מחומש חריג.